En el año 1941, y después de pasar por San Felipe Neri y la iglesia de San Miguel y San Julián, la Cofradía tomó como sede definitiva la iglesia de Santiago Apóstol.

La iglesia de Santiago tiene su origen en una ermita existenete por el año 1104, dedicada al Santo Cristo del Escovar. Al parecer estaba servida por una cofradía que decidió, en torno a 1360, colocarse bajo la protección de Santiago, convirtiéndose en iglesia parroquial con este nombre hacia 1400.

La iglesia está construida en piedra de sillería y ladrillo, la portada principal no tiene ningún valor significativo. En el lado de la Epístola y bajo un pórtico renacentista se abre una puerta de ingreso.

El edificio consta de una sola nave, muy espaciosa, con capillas laterales poco profundas. Una cristalera sobre su fachada principal y grandes ventanales con arcos contribuyen a iluminar el interior.

El coro está situado en alto, sobre un hermoso artesonado de madera decorada con casetones en cuyo interior se disponen conchas doradas de principios del siglo XVI. La torre se inició en 1504 y está situada junto a la cabecera en el lado del Evangelio.

Es obra de los arquitectos Juan de Arandia y García Olave. Consta de cinco cuerpos. Se utilizó piedra de Villanubla y Zaratán, y las obras duraron ocho años.

La actual capilla del Santo Cristo de las Mercedes se encuentra ubicado en el paso de entrada a la iglesia por el lado del Evangelio, desde Héroes del Alcázar, puerta que está condenada interiormente, pero por el exterior se puede aun ver restos de lo que fue la puerta en su origen.